El pueblo de Emboscada nace como una pieza clave en el conjunto de medidas tomadas por el Gobernador Rafael de la Moneda para organizar institucional y productivamente el territorio paraguayo. Con la finalidad de fijar la frontera y apuntalar la línea defensiva de Arecutacuá, Rafael de la Moneda inicia una acción de poblar, para garantizar la estabilidad de la misma. Para ello recurre al arbitrio de utilizar los negros libertos de San Agustín de Arecutacuá, otorgarles en propiedad tierras y organizarles un pueblo, así como reconstruir adjuntamente un presidio;(desde 1738 se sugiere que se mudara a los presidiarios) En el año 1761fue designado cura de Emboscada el Padre Francisco Amancio González quien se dedicó además a la evangelización de las tribus tobas, enimagás y lenguas cercanas al poblado. En esta época el pueblo ya contaba con una población de 562 habitantes. La superficie de las tierras que abarcaba la ciudad se extendía a dos y medias leguas de Este a Oeste y poseían una chacra de comunidad para el acopio de productos. La nueva iglesia, que aun subsiste, parece haber sido construida hacia 1774 por el Padre González pero aún hacia fines del siglo XVIII la única casa con tejas era la del cura. La expansión que el pueblo alcanza a comienzos del XIX como centro agrícola y en la provisión de piedras, extraídas de las cercanas canteras parece irse limitando años más tarde, pues en 1845 el pueblo es repoblado con 400 hombres y 600 mujeres según informa Du Graty. La estructura del pueblo se ha ido desdibujando, a excepción de la plaza de la Iglesia cuyos límites se han definido mediante cercado. En torno a esta, y a la plaza del mercado se encuentran tiras de casas, las más antiguas de las cuales datan del siglo XIX. La iglesia constituye sin duda un elemento arquitectónico de sumo interés no solo por responder a las tipologías del siglo XVIII y su excelente estado de conservación sino también por ser uno de los ejemplos menos conocido. Sobre el año de fundación de "EL Pueblo de los Pardos libres de la Emboscada" no están de acuerdo los historiadores, que lo hacen oscilar entre 1740 y 1744, el mismo gobernador Pedro Melo de Portugal , cuando impone su reglamento para el buen gobierno del pueblo , el 29 de noviembre de 1783 , habla en los considerandos de “ más de cuarenta años de fundación “ y dicen en el artículo 1 (uno) habiéndose erigido dicha población por los años 1743 a 1744 “ como no se ha descubierto hasta la fecha el documento de la fundación , no se puede llegar a ninguna certidumbre, pero se puede conjeturar que la instalación del pueblo estuvo terminada en 1744, siguiendo la opinión del capitán don Juan Francisco de Aguirre y de don Félix de Azara. Según un documento encuadernado en el volumen 120, nro 10, en junio de 1741 decía: “que las costas del río (paraguay) estaban desguarnecidas y los mejores terrenos poblados del interior eran invadidos por los indios, que hacían “estragos memorables “estas declaraciones fueron tomadas para responder a las averiguaciones que manda hacer el Gobernador Rafael de la moneda. En 1816 fue construida la Penitenciería de Máxima Seguridad del Paraguay, la Cárcel de Emboscada, la misma funciona hasta ahora, en épocas de la dictadura ésta funcionó como cárcel política.
